双肾结石如果没有引起肾脏积水，一般不太严重；如果结石体积比较大，就会影响肾功能；如果长期肾积水，可能会引起肾功能衰竭，将会非常严重。
临床上经常看到患者会患有双侧的肾结石，如果没有肾脏积水，一般对肾功能影响不大，不需过度的担心，但如果结石比较大，还是需要尽快的积极治疗，如果不予以控制，结石可能会生长得很快，会形成鹿角状的结石，可能会引起肾脏的积水，影响肾脏的功能。
一旦延误治疗，长期的肾积水导致患侧的功能衰竭，或者手术之后，可能会出现比较严重的并发症，如出血、肾壁膜下血肿等，重者可以危及患者的生命。对于两厘米以下的肾结石，可以应用体外冲击波碎石这种方法，极为微创，在门诊即可，不需要打麻醉，碎完石之后就可以回家，不影响正常的生活，也可以通过软镜手术进行碎石、软镜手术也是通过自然的腔道进入镜子之后，看到肾盂把结石碎掉。这两种情况，出现肾壁膜下出血、感染的风险要低，相对比较安全。对于体积比较大的结石，可能需要经皮肾镜的手术，需要在肾脏上建立一个通道。镜子进去之后，把结石碎掉，然后把结石冲出体外，但可能会出现出血、壁膜下血肿等。有些人术后可能会出现肾萎缩。