目前临床上认为巧克力囊肿的形成原因，是具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢位置，从而形成卵巢巧克力囊肿。它属于子宫内膜异位症的一种，病因主要是子宫内膜种植而形成的，所以巧克力囊肿的形成原因是因与饮食没有关系的。在正常情况下子宫内膜就在子宫腔内，随着卵巢分泌激素的影响而发生周期性的脱落，而子宫内膜跑到了卵巢的位置，就会形成卵巢巧克力囊肿，这种情况下如果囊肿较小是不用需要手术的。如果囊肿大于五厘米而且临床的不适的症状比较明显，则需要进行手术治疗。在饮食上应该避免食用辛辣、寒凉、生冷等刺激性的食物，这些食物不利于机体的恢复。

巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，这是指具有生长功能的子宫内膜长到了卵巢内从而形成囊肿，这种囊肿手术进行微创腹腔镜手术以后，需要注意卧床休息一周。那么女性在一周内不要做剧烈的活动避免过度劳累，需要使用三到五天的抗生素来预防感染，注意饮食营养要均衡，避免吃辛辣、寒凉、生冷、刺激性的食物，尽量吃一些有营养、容易消化吸收的食物，含有丰富蛋白质以及微量元素的食物，比如说鸡肉、瘦肉、鱼汤、鸡汤等等，可以多吃一些新鲜的蔬菜水果，这样会保证术后身体恢复的更快一些。同时要注意在术后要调整好心态保证心情舒畅，这对病情的恢复也是有好处的。

目前临床上对于卵巢巧克力囊肿术后的患者，可以选择皮下注射亮丙瑞林或者是戈舍瑞林，连续用药三到六个月的时间，可以使体内残留的子宫内膜移位的病灶坏死，从而降低它的复发甚至不复发。但是临床上如果有生育要求的女性，也可以在手术后三个月积极的备孕。如果怀孕了那么女性在怀孕期间是不来月经的，这样会引起残留的子宫内膜异位病灶可能会出现坏死消失。如果患有卵巢巧克力囊肿的患者，临床上主要表现为进行性加重的痛经，而且囊肿会导致盆腔内环境的改变会出现粘连甚至影响怀孕。所以一般建议存在巧克力囊肿的患者，一般发现后应该积极的给予治疗，可以采取腹腔镜微创手术的方式，这种方式对机体的损伤较小。

巧克力囊肿手术治疗是首选。药物治疗主要达到卵巢抑制目的，或“假孕”和“假绝经”。目前常用药物是孕激素、内美通和促性腺激素释放激素激动剂等。促性腺激素释放激素激动剂作用机制是通过下调垂体促性腺激素分泌，抑制卵巢释放雌、孕激素，造成体内低雌激素状态，起到暂时性药物“去势”作用，使异位内膜萎缩达到治疗目的。研究证明促性腺激素释放激素激动剂有效且安全，主要副反应是低雌激素状态引起更年期症状，如潮热、出汗、阴道干涩、烦躁、抑郁及骨质丟失、关节痛等。为改善用药者症状，需同时补充少量雌激素，即“反向添加”治疗，目的改善低雌激素状态的同时，不促进内异症病灶复发。“反向添加”除可明显改善症状外，骨密度下降也会减少。对内异症引起疼痛治疗办法最多，但特效药不多，治疗效果不理想。可首选非甾体类消炎药，如布洛芬等。若没有生育要求，可放置曼月乐治疗。

巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上造成。子宫内膜异位到卵巢上，每个月子宫内膜出血，卵巢异位的子宫内膜也出血，日积月累这些出的血，不能排出体外，在局部聚积然后形成了囊肿。开始是鲜红色的血液，时间久了，就会变成巧克力色，也是咖啡色。囊液可能比较稀薄，也可能比较浓稠，但总的来讲成分是血液合并了液体。最常见是卵巢的子宫内膜异位症，但有些卵巢的浆液性肿瘤或黏性肿瘤，囊内壁也合并了出去，污染了囊内的液体，时间长了后，也会成为巧克力颜色。如何去鉴别巧克力囊肿是什么原因造成，就需把囊肿完整的或囊壁给剥离出，在显微镜下才能看到成分是什么，才能知道到底是巧克力囊肿、子宫内膜异位症是浆液性囊肿是黏性囊肿等等卵巢的肿瘤。