巧克力囊肿在手术后有复发的可能性的，因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，它是指具有生长功能的子宫内膜移位到了卵巢上，从而形成卵巢巧克力囊肿，这种疾病手术后的复发率是比较高的，一般在百分之五十左右，所以临床上为了降低巧克力囊肿术后的复发率，在术中要处理是比较关键的。如果囊肿与周围组织有致密的粘连，以及与肠管、输尿管有致密的粘连，在此时应该尽量的彻底清除病灶，以及与之相连的粘连带，必要时需要请其他科室的医生共同完成手术，而且一定要注意在术后要应用GNRHA类的药物，或者是地诺孕素等等来进一步的降低手术后的复发几率。

卵巢巧克力囊肿又称之为子宫内膜异位囊肿，这是由于移位的子宫内膜侵入到了卵巢，所引起的卵巢子宫内膜移位症，也叫做卵巢巧克力囊肿。如果在月经期时的子宫内膜碎片，随着经血逆流到了输卵管接而进入盆腔，种植在了卵巢表面或者是盆腔，其他部位就会形成一位囊肿。而巧克力囊肿发生破裂时，液体流入到了盆腔，输卵管，会造成盆腔的粘连。最明显的临床表现会出现，痛经进行性加重，而有一部分患者会出现性交后出现疼痛的感觉，甚至还有可能伴有阴道不规则的流血。对于盆腔粘连比较严重的女性，还需要进行手术治疗。

目前临床上对于卵巢巧克力囊肿的认识，主要认为它是子宫内膜异位症的一种，是具有生长功能的子宫内膜侵入了卵巢组织，从而引起卵巢巧克力囊肿，这种疾病会产生类炎症的反应，所以患者会出现腹痛、痛经进行性加重，而且有一部分患者会引起盆腔的粘连，引起性交后的疼痛。卵巢巧克力囊肿的患者严重者会影响女性的卵巢功能，从而引起月经失调，甚至影响输卵管的蠕动，从而造成不孕症的发生。对于较大的卵巢巧克力囊肿，则需要进行手术治疗。

由于巧克力囊肿是由子宫内膜腺体间质移位到卵巢所引起的囊肿，这是由于子宫内膜碎片移位到了卵巢所形成的包裹性的囊肿。在平时来月经时囊肿会出现一个比较明显的疼痛，而且囊肿会逐渐的增大，那么我们在临床上可以采取腹腔镜手术治疗，但是手术就会出现副损伤，有可能会对卵巢组织造成一定的伤害，影响到卵巢的功能，从而导致女性的卵巢功能衰退。而且手术后还有可能会造成盆腔组织器官的粘连，患者可能会出现下腹部不适，甚至疼痛等临床表现，有一部分患者还会出现性生活时出现腹部疼痛的现象。建议女性在平时日常生活中注意腹部的保暖，避免受凉。

巧克力囊肿术后需要吃孕激素、雄激素类衍生物如合成的17α乙炔睾丸酮（达那唑）、19—去甲睾酮衍生物（孕三烯酮）、促性腺激素释放激素激动剂(GnRHa)、米非司酮等药物。巧克力囊肿是“肿块”但并非是“肿瘤”，是子宫内膜异位症的一种病变。建议经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术、内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。巧克力囊肿术后容易复发，可以选用下列药物预防复发：孕激素、雄激素类衍生物如合成的17α乙炔睾丸酮（达那唑）；19—去甲睾酮衍生物（孕三烯酮）；促性腺激素释放激素激动剂(GnRHa)；米非司酮。建议GnRH或孕三烯酮治疗内异症，但副作用大，易复发。建议看中医吃煎药，成药效果不佳。还有一个方法，假如已经生育，建议放曼月乐环，有治疗内异症作用。