肛瘘作为直肠肛管常见的良性疾病，与肝脏脓肿其实是同一种疾病的不同分期，或者换句话说，肛瘘与肛周脓肿都属于坐骨直肠肛管周围间隙感染，只不过肛周脓肿是急性期，而肛瘘是慢性期。
在临床上对于肛瘘，一旦诊断明确，唯有采用手术治疗才能获得治愈。因为肛瘘主要是继发于肛周脓肿，表现为局部的，肛周皮肤破溃流脓，流脓以后，又可以获得假性愈合，经过一段时间以后，可以再次破溃流脓，反复发作迁延不愈。
对于肛瘘的治疗手术治疗，又包括两种方式，第1种就是对于低位单纯性肛瘘，也就是内口位于齿状线下方，可以采用直接的肛瘘切除得到一期愈合，而对于内口开口于齿状线上方，或者说肛管直肠环上方的肛瘘，通常需要行肛瘘挂线才能获得治愈，以免因为一次切断肛门括约肌，而引起大便失禁的症状。