口腔溃疡发病原因有遗传因素、免疫因素、精神因素、创伤因素、激素水平改变及维生素或微量元素缺乏、系统性疾病。
一、遗传因素，研究发现口腔溃疡多有家族病史。
二、免疫因素，身体免疫力下降导致机体受到病原体的侵袭。
三、精神因素，过度的焦虑紧张也会造成机体抵抗力下降，受到病毒感染，引发口腔溃疡。
四、创伤因素，例如进食造成的划伤，口腔不良修复体对口腔黏膜的磨损等。
五、激素水平改变及维生素或微量元素缺乏，如缺乏微量元素锌、铁，缺乏叶酸、维生素B12以及营养不良等，可降低免疫功能，增加口腔溃疡发病的可能性。
六、一些系统性疾病，常伴有口腔溃疡的表现，例如白塞病。血链球菌及幽门螺杆菌等细菌也与口腔溃疡关系密切，像胃溃疡、溃疡性结肠炎等经常会有口腔溃疡的口内表现。