直肠炎可以口服药物治疗，用抗生素药物治疗如柳氮磺胺吡啶栓或美沙拉嗪栓，也可以局部用药治疗或全身用药治疗等。
直肠炎治疗分为对症治疗和对因治疗。直肠炎分为细菌性和自身免疫性。如果是细菌性炎要找到相应的细菌，一方面进行经验性治疗，可以用一些抗生素，也可以用柳氮磺胺吡啶栓，栓剂里边含有抗生素。在治疗同时，取患者大便进行细菌培养，根据不同的菌种可以选择一些药物，细菌培养出来后，可以进行药敏实验。有药敏以后针对性的进行治疗。
肠炎是溃疡性结肠炎当中的直肠型，累及距离肛门口很近的地方会出现腹痛、血便、里急后重，这部分的治疗可以通过口服一些药物，也可以通过局部用药，局部用药效果会好一点。主要涉及消炎药柳氮磺胺吡啶栓，既可以用于细菌性炎，也可以用于溃疡性结肠炎。如果对磺胺药过敏，可选择美沙拉嗪栓，副反应小，对磺胺的问题也可以避免，这种治疗要比细菌性的直肠炎时间要长。溃疡性直肠炎本身是溃疡性结肠炎当中一种特殊类型，治疗时间和直肠型是一样至少需要四年左右，建议局部营养，有时候需要口服，甚至需要全身用药。