肺炎衣原体感染是引起肺炎的主要原因，肺炎患者可能会出现发热、咳嗽、头痛等等临床表现，严重威胁着患者的身体健康。急性呼吸系感染是其主要表现，如咽炎、喉炎、鼻窦炎中耳炎、支气管炎及肺炎，以肺炎最常见，支气管炎次之。老年人以肺炎多见，20岁以下的青少年，则多为支气管炎及上呼吸道感染。常以发热、全身不适咽痛及声音嘶哑起病，数日后出现咳嗽，此时体温多已正常。亦可引起支气管炎、支气管哮喘，原有支气管哮喘的患者感染肺炎衣原体后，可加重病情。病情严重者可因原基础疾病加重或因发生并发症如细菌感染而死亡。