学校恐怖症的病因有三种：一是这些孩子的性格多胆小、害羞、依赖、被动，小一点的孩子弃学多半是这种性格从中作梗。二是青春期性心理冲突。调查发现，发生弃学与一些孩子初入青春期有关，当女孩出现初潮和男孩首次遗精时，由于神经、内分泌的作用，他们的警觉性增强，害怕学校其实是一种移花接木的转换防御机制，通过弃学暂缓了“不被人发现”、“不知如何是好”这种潜在的性心理压力。三是焦虑型母亲的影响。