不是所有的克罗恩病都需要做手术，克罗恩病的手术治疗指征是非常严格的，只有当出现了一个完全性的肠梗阻，通常情况都是由于这种完全的一个肠腔的狭窄导致的一个机械性的一个梗阻，通过这种保守的治疗，无法缓解的这样的一个情况，是需要手术治疗的。另外还有一些出现了一个急性的消化道大出血，还有肠穿孔，或者是合并有这种瘘和脓肿，都是需要进行外科的一个手术治疗的。
选择的手术方式的话，通常是局部的一个肠管的狭窄的切除，对于有这种瘘或者腹腔脓肿的一个情况，可以首先进行一个脓肿的一个切开引流，如果不能达到很好的一个效果，再考虑切除这个瘘或者是进行这个脓肿的一个切除，手术切除的这个长短也是有严格的要求的，因为手术之后可能会有很多的一个并发症的出现，特别严重的就是的所说的一个短肠综合征，对于患者的一个生活质量的影响是非常大的，而且手术之后也要进行一个药物的一个维持治疗是比较关键的。