咽喉炎通常不会癌变。病毒感染，尤其是eb病毒或人类乳头状瘤病毒，是咽喉部癌变的重要高危因素，eb病毒通常与鼻咽癌的发病有密切关系。eb病毒感染阳性患者，鼻咽癌的发生率要高于eb病毒阴性患者，发现hpv与头颈部肿瘤有密切关系。
hpv可能是口咽癌的病因之一，hpv阳性的头颈部鳞癌患者比例能够占到30%到65%。在口咽癌比例中，甚至达到70%到90%。hpv阳性口咽癌患者趋于年轻化，男性居多。hpv感染，可能是口咽癌预后的强而独立的影响因素。
hpv感染主要是由于hpv对人粘膜上皮具有特异嗜性，可以通过黏膜的微创伤感染基底上皮，生长迅速、多病灶性、复发率高、容易癌变，这是人乳头状瘤病毒hpv，容易诱发癌变的机制之一。咽喉部的恶性肿瘤除了病毒感染外，抽烟、饮酒，也诱发癌变的重要因素，过量抽烟、饮酒，会引起咽喉炎，也容易诱发癌变。