女性晚上小肚子疼，大部分与盆腔炎性疾病、痛经、子宫内膜异位症等妇科疾病有关。也有些与妇科疾病无关，如泌尿系感染、胃肠道原因等所致的腹痛等等。小肚子附近有子宫、卵巢、输卵管等妇科器官，也有膀胱、输尿管、肠管、肌肉、骨骼等器官，腹痛的原因有很多。如果反复出现晚上小肚子疼痛，还是需要到医院进行检查，一般先到妇科检查，排查是否存在妇科相关疾病，根据不同的情况进行阴道炎排查、体格检查、超声检查等等。
盆腔炎所致的小肚子疼痛，一般与月经无关，医生检查的时候可能会有宫颈区拉痛，子宫和附件区压痛。如果诊断为盆腔炎，则需要进行规范的抗生素治疗，或者中医药治疗，不规范的盆腔炎治疗常导致炎症慢性化，难以完全控制症状。子宫内膜异位症疼痛，大部分有一定的周期性，表现为月经前后和月经期加重。可疑子宫内膜异位症的患者，可以进行短效避孕药，含孕激素的宫内节育器，或者其他药物进行治疗，部分患者还需要手术治疗。
如果妇科检查没有明显的异常，怀疑泌尿系统和胃肠道系统引起腹痛的，则需要到相应的科室就诊，明确诊断并进行治疗。相对来讲，泌尿系统所致的小肚子疼，大部分合并尿频、尿痛等泌尿系症状，胃肠道等原因所致的小肚子疼，经常是阵发型的，而且经常不局限在小肚子。