肛瘘的确诊需要通过以下几种方法体征来确诊。先询问患者出现的症状，有无出现红肿热痛的症状，如果患者叙述自己出现以上的症状，并且在排便时，有脓血便的现象就可以确诊为肛瘘的潜伏病期。为患者做直肠肛门检查，可触及肛门周围有单个或多个外口，呈现乳头状突起，按压时可出现少量的浓液或脓性分泌物的排出，检查到患者内口时询问患者的反应，看患者是否有压痛是否能够触及硬结样内口及条索状瘘管。同时做肛门镜检查观察肛门周围是否有炎症，瘘管的位置及内口的位置，从而确诊肛瘘。

主要的临床表现为瘙痒。1、因为肛瘘排出的分泌物刺激肛周皮肤，可引起潮湿瘙痒，使皮肤长期处于高压的状态，如果严重的话会出现肛门湿疹。2、肛门疼痛，多数患者为隐痛不适，只是感觉局部有发胀感，在走路的时候，可能会出现肿胀及疼痛感。如果是急性感染的患者疼痛比较剧烈。3、肛门分泌物较多。瘘口处会出现反复溢出少量脓性血液和粘液性的分泌物或气体，随着时间的推移，浓液会越积越多。内裤上会出现分泌物，从而污染内裤。4、肛门周围会触摸到明显的肿块，用手按压会出现疼痛感。

肛瘘作为临床上直肠肛管非常常见的良性疾病。主要的发病原因是坐骨直肠肛管周围间隙感染。在临床上肛瘘其实与肛周脓肿是同一种疾病的不同分期，也就是说两者的根本发病原因都是因为，坐骨直肠肛管周围间隙软组织的细菌感染，感染的细菌主要是肠道内的细菌。主要是革兰氏阴性杆菌以及厌氧菌，急性期在临床上称为肛周脓肿，慢性期因为迁延不愈，通常包含有内口，外口以及窦道，所以称为肛瘘绝大多数。绝大多数肛瘘的发生是因为肛周脓肿急性期行脓肿切开以后，迁延不愈而形成的，通常需要再次行手术治疗，一般采用挂线治疗，避免一次性的手术切断肛门括约肌，而引起大便失禁的症状。所谓复杂性肛瘘，是指有多个内口，或者是多个窦道，难以一次手术成功的肛瘘，对于复杂性肛瘘，通常需要行两次以上的肛瘘挂线，才能获得临床的治愈。

肛瘘最主要的症状就是患者自己会摸到肿块，或者摸到条索一样的东西，就像铁块样的硬物，这就是肛瘘的最主要症状。另外肛瘘可能会经常的流脓、流血。流脓、流血是从肛瘘的外口流出来的。在流脓、流血之前，可能会感觉疼痛，如果流出脓血以后，就疼痛消失。肛瘘如果拖得时间比较久，反复发作就会出现肛周反复的疼痛、流脓、流血的症状。对于这种情况，需要对肛瘘进行及早的处理，手术是解决肛瘘的最佳治疗方案。

肛瘘分为陈旧性肛瘘和新鲜肛瘘。陈旧性肛瘘一般处于稳定期，出血几率少。陈旧性肛瘘即使出血，出血量也很少。因为陈旧性肛瘘病灶较稳定，经过长期纤维化、结缔组织化，一般出血少。而新鲜肛瘘，尤其是肛周脓肿破裂后、近期形成肛周脓肿，或其他引流术后的肛瘘，往往带有一些出脓出血，但血量不多，颜色淡红或里边带有脓。如果是金黄色葡萄球菌感染形成的肛周脓肿，带有特殊臭味。所有肛瘘出血都应和内痔出血鉴别。内痔出血比较鲜红，量有时大，有时小。一般肛瘘出血量小，有时鲜血，有时淡红。