鼻咽囊肿不会癌变，鼻咽囊肿往往是先天发育的遗留的畸形，位于鼻咽的常见的顶壁这个部位，鼻咽囊肿是囊性的病变，绝大多数不会变成癌。
当然，因为发生在鼻咽部，很多人都担心，因为一提到鼻咽部就担心鼻咽癌，但鼻咽癌好发部位是咽隐窝，然后是顶后壁。鼻咽囊肿更多地位于顶壁，很少见咽隐窝这个地方，而鼻咽癌是实体性的占位，绝对不会是个囊性的结构。但是有的时候这个地方，表面比较光滑，感觉是个囊性，实际上拍片子发现是个实性的，确实也有些鼻咽癌，早期是向深面浸润性生长，表面比较光滑，看上去并不是像是肿瘤一样的。典型的鼻咽癌。当然在咽隐窝或者顶后壁这个地方，有一个乳头状生长的肿瘤，表面溃烂、有出血等等，但确实有少部分早期，甚至从表面什么都看不出来，连囊肿这样隆起都看不出来，拍片子才发现是在黏膜下生长，但是这种还是比较少见。
一般的话，查体的时候，发现鼻咽顶壁有一个囊肿，大多数都是先天发育的遗留下来的囊肿，碰碰软软的，原则上不去处理，如果真的比较大，影响到病人的鼻子通气了，这时可以考虑手术治疗。但是这个地方有囊肿的时候要小心，在做手术之前可能要拍个片子，小心囊肿深面的骨头可能会有畸形，甚至有先天的骨裂跟颅内是通的，但不管怎么样，鼻咽部的囊肿都不会癌变。