由于灰指甲是真菌感染所致，具有传染性及危害性，因此如果没有及时治疗，病情严重后会有较多不良后果，常见如下：
1、全甲毁损：灰指甲病情严重后会进展为全甲毁损型灰指甲，表现为整个甲板被破坏，呈灰黄色或灰褐色，最终甲板部分可能会全部脱落，甲板表面残留粗糙角化堆积物，严重影响美观，可导致患者产生自卑情绪而造成社交障碍。除此之外，还可能会影响手部或者脚部的精细动作和功能，严重影响患者正常的工作、生活。
2、传染：灰指甲具有很强的传染性，家人、朋友会因接触而感染。病甲也可能会将真菌传染至自身其他部位导致手癣、体癣、股癣等，这对患者自己及家人都会产生不好的影响。
3、并发症：灰指甲病情严重的患者患指容易继发细菌感染，引发甲沟炎、甲床炎等并发症，甚至引起丹毒、蜂窝织炎，造成患处红肿、化脓以及剧烈疼痛等。
灰指甲患者应积极配合治疗，以达到康复的效果。治疗上常用外用药物治疗和口服药物治疗。外用药物治疗常用有，可以帮助更好的杀灭真菌，消炎，抑制真菌的繁殖和再生；口服药物有伊曲康唑，特比萘芬等，能帮助控制病情的发展，起到抗菌杀菌的作用。