肛瘘与肛周脓肿其实是直肠坐骨肛管周围进行感染同一种疾病的不同分期，肛周脓肿是急性期，而肛瘘是慢性期，从解剖学上来说，肛瘘包括内口、外口以及窦道根据窦道的多少、以及内口的高低，在临床上又分为低位肛瘘、高位肛瘘，单纯性肛瘘，复杂性肛瘘，一般来说，对于内口不穿过肛提肌的肛瘘，或者说低位单纯性肛瘘。
临床上治疗非常简单，也就是，通过外口找到内口，然后将整个肛瘘连同窦道完整切除。就可以达到一期完全治愈的目的。
而临床上比较棘手的是高位复杂性肛瘘、高位复杂性肛瘘，因为有多个窦道和内口，一次手术当中不一定能够全部找到所有的内口以及窦道，即使行肛瘘挂线治疗以后，容易再次出现复发而表现为局部的肛瘘症状，通常需要两次，甚至三次以上的肛瘘挂线，才可以获得治愈。