按照解剖学上来说，分为内口与外口、窦道。根据内口位置的高低，也就是内口与肛提肌位置比较又分为高位肛瘘与低位肛瘘，高位肛瘘是指内口位于肛提肌上方，而低位肛瘘内口位于肛提肌下方。
在临床治疗上来说，一般低位肛瘘即使是复杂性肛瘘，可以一次性的将窦道全部切开敞开，然后促进创面的愈合，达到一次治愈的目的而对于高位肛瘘因为。窦道穿过肛提肌，一次性的切开容易损伤到。肛管直肠环而引起术后的排便失禁，通常需要采用挂线治疗。肛瘘形成的原因。其实也就是感染，因为肛瘘与肛周脓肿其实是同一种疾病的不同分期，都是坐骨直肠周围间隙感染。急性时表现为肝脓肿破溃以后，迁延不愈，形成内口外口以及窦道，甚至多个窦道，称为复杂性肛瘘。所以说，肛瘘形成主要就是坐骨直肠周围间隙感染迁延不愈所形成的临床疾病。