如果患者出现了大片状的低回升，超声上出现了大片状的低回升，或明显的甲状腺肿，而且出现疼痛或发热时，就需进行药物的干预，可以用夏枯草胶囊进行治疗，一般用两个月。而且如果有疼痛可以用西乐葆，如果发热可以进行对症的治疗。还有一部分患者可能出现剧痛或高热不退，必要时可以应用激素进行治疗。如果是患者在亚急性甲状腺炎的同时出现了甲减，可以服用左甲状腺素片。如果合并了甲亢，症状并不是很严重时，仅仅有心慌的表现，可以给予β受体的阻滞剂，改善心慌的症状；如果是严重的甲亢，可以适当的吃抗甲状腺的药物。
亚急性甲状腺炎如果症状非常的轻，没有什么症状，而且做彩超时也仅仅是小片状的低回升，这时候如果没有发热、没有疼痛，可以不进行治疗，有一部分患者是可以自愈的。
但物剂量也不要过大，时间也不要过长，因为甲亢只是暂时性的，不是真正的甲亢，过一段时间也可能会出现甲减的症状。如果是慢性淋巴细胞性甲状腺炎，如果甲功正常，腺体又没有明显的肿大，可以不用药物治疗，仅给予低碘的饮食。如果同时出现了甲减，建议用左甲状腺素片进行药物治疗。如果甲状腺肿明显的增大，而且压迫了气管，有呼吸困难的表现时，建议就手术治疗。