胃肠道感染的临床症状主要是腹泻、呕吐等，治疗上需要使用消炎药物，但要分清感染是否为细菌性感染。若患者因出现胃肠道感染的症状就诊，要根据是否伴发热、血常规异常进行分析。
若感染是病毒引起的，需进行中西医结合治疗，因抗病毒治疗是中医的强项；若为细菌合并病毒感染，引起了肠道菌群失调，导致患者出现相应症状，则需根据具体情况用药，可以服用环丙沙星、左氧氟沙星、庆大霉素以及喹诺酮类药物等，以抗炎杀菌，达到消除细菌、病毒等病原微生物的作用。一般胃部感染主要指幽门螺杆菌感染，如果进行相关检查确诊存在幽门螺杆菌感染，治疗主要以抗HP感染治疗为主，主要是应用阿莫西林克拉维酸钾以及一种质子泵抑制剂和铋剂。除此之外，也可以喝一些小米粥、山药红枣粥等，以顾护胃气，提高胃肠的抵抗力，从而也有利于治疗胃肠感染。