最有效的缓解尿道疼痛的方法就是及时排出结石，小的结石可以通过膀胱憋足尿液用力排尿，尿道结石可能自行排出来，还可口服止痛药对症治疗，但应及时就诊，取出结石，否则病史较长者会出现感染、尿道周围脓肿、尿瘘等严重并发症。
尿道结石多是由于肾、输尿管、膀胱结石排出时，突然卡在尿道内，产生的急性堵塞尿道和疼痛症状。排尿时疼痛症状加重，可能会伴有血尿，还有感染。
对于比较大的能排出的尿道结石，疼痛时可以口服止痛药，如芬必得类止痛药，效果不满意的，可以加用曲马多、泰勒宁等止痛药物，合并感染的时候，建议加用口服抗生素。如果高热需要静脉输注抗生素，当结石长时间刺激尿道，尿液外渗，会造成尿道周围的脓肿，尤其是合并糖尿病等情况，甚至出现尿瘘，处理起来较为困难。因此发生尿道结石的时候，不能单纯口服止痛药，对症治疗，并及时就诊取出结石。
对于前尿道结石在取出过程中疼痛明显，可以在局部麻醉下将结石推出尿道外口，位于尿道舟状窝的结石，可以通过血管钳夹出结石。
对于后尿道结石可以用尿道探子将结石推入膀胱，再进行碎石。