手足口病临床没有特效药，主要是对症治疗，可在医生的指导下服用抗病毒药及清热解毒的中草药，补充维生素B、C。
手足口病如果没有并发症，预后一般良好。多数在一周内痊愈，接触者注意消毒隔离，避免交叉感染。另外做好对症处理、口腔护理，衣服、被褥要清洁，衣着要舒适、柔软、经常更换，剪短宝宝指甲，必要时包裹宝宝双手防止抓破皮疹。臀部有皮疹的宝宝，要随时清理大小便，保持臀部清洁干燥。可服用抗病毒药及清热解毒的中草药，补充维生素B、C。
对于合并症要密切监测病情变化，尤其是脑肺心功能。危重患者特别注意监测血压、血气、血糖、胸片，注意维持水电解质酸碱平衡以及对重要脏器维护。颅内压增高要给予相应处理。出现低氧血症、呼吸困难、呼吸衰竭，要及早进行机械通气治疗，维持血压稳定。其他重症处理，如出现DIC、肺水肿、心力衰竭都要做相应处理，抗病毒治疗，因为抗病毒药物一般在发病24到48小时前使用最佳。而往往确诊手足口病时，都已经过最有效治疗阶段，因此现在不提倡使用抗病毒药物治疗。