败血症需要先采取抗菌治疗，选用恰当的抗生素进行治疗；同时需要输血治疗或者是输入免疫球蛋白增强抗病能力；纠正酸中毒以及水电解质紊乱，如有休克，需要进行抗休克治疗；同时对新生儿环境消毒、避免与呼吸道感染患者接触，积极采取母乳喂养等。
家长一旦发现新生儿有败血症，要立即送医院治疗。因为败血症病情进展较快，有很多合并症。首先要抗菌治疗，根据病原菌种类不同而选择不同的抗生素。像葡萄球菌感染，可用苯唑西林或者头孢唑林钠、万古霉素等；革兰氏阴性杆菌感染，用氨苄青霉素、先锋必或美罗培南等；如果病原菌不明确，可以针对上述两种细菌联合用药。
联合用药一般疗程是10-14天。在抗感染最基本治疗的同时要进行支持治疗。可以输血，使用血浆或是免疫球蛋白增强机体抗病能力；另外及时纠正酸中毒和水电解质紊乱。因为败血症是全身性疾病，会导致全身性多器官的损伤。如果有休克，要进行抗休克治疗。
另外新生儿居住的环境要经常消毒；不要与患有呼吸道感染的人接触，避免这些感染；同时提倡母乳喂养，因为母乳中含有大量的抗体成分，特别是初乳中含有大量的抗体，能减少因肠道感染而导致的败血症。