子宫内膜薄的原因有全身内分泌失调，比如雌激素水平偏低、孕激素量不足、排卵障碍和生长激素缺乏；局部因素有内膜受损、内膜粘连，比如人流术中损伤子宫内膜。
正常月经周期中，子宫内膜的组织学变化，分为增殖期、分泌期、月经期三个阶段。子宫内膜受卵巢分泌的雌激素和孕激素调控，月经周期的前半期，卵巢的卵泡分泌雌激素促进子宫内膜增厚，卵泡成熟后排卵形成黄体分泌孕激素和雌激素，子宫内膜从增殖期转化为分泌期为受精卵着床做准备，如果排卵后卵子没有遇见精子，14天后月经来潮内膜再次变薄。
子宫内膜薄有全身内分泌的因素或者是局部的因素。原因有全身内分泌失调，比如雌激素水平偏低、孕激素量不足、排卵障碍和生长激素缺乏；局部因素有内膜受损、内膜粘连，比如人流术中损伤子宫内膜，如果损伤了内膜的基底层，内膜损害就会很大，内膜薄的比较厉害。