巧克力囊肿也称卵巢子宫内膜异位囊肿，是很容易复发的。虽然子宫内膜异位症的具体发病机制不清楚，但是“经血逆流”的理论是最经典的。女性发生经血逆流的真实概率非常高，子宫内膜异位症却没有同样的高发病率。这是因为，并非所有女性的体质都适合异位的内膜生长。
反过来说，发生子宫内膜异位症的女性，体内环境可能比较适合异位内膜的扎根生长。通俗来说，其体质容易长巧克力囊肿。所以，即使做了手术，切除病灶，其体质还是改变不了。只要卵巢还可以产生雌激素，子宫内膜异位症就可能卷土重来，巧克力囊肿也同样如此。
在做囊肿手术的时候，都是尽量清除掉能见到的病灶。即使是盆腔其他位置的内异灶，也是如此。然而有些病灶隐藏地很深，和周围的正常组织组织无法区分开来。这些微小隐匿的病灶，是术后复发的又一大根源。复发最大的痛苦莫过于痛经、盆腔痛。鉴于巧克力囊肿手术之后的高复发率，我们建议术后使用地诺孕素或促性腺激素释放激素激动剂或联合短效避孕药长期管理，力争复发率下降到最低的水平。