巧克力囊肿手术后怀孕是预防复发的最好治疗方法。
对于巧克力囊肿，怀孕是预防复发的最好治疗方法，整个孕期，在大量孕激素长期作用下，异位的子宫内膜会萎缩消失，假孕疗法是治疗子宫内膜异位症很重要的一种方法，就是模拟妊娠状态来实现疗效的，所以，巧克力囊肿术后不久就怀孕，是预防复发的最好、最有效方法，对于那些病情比较严重的患者，医生会建议术后立即开始用GnRH-a，每28天1次，连续用药4至6个月。
用药期间体内激素水平类似切除双侧卵巢后状态，无月经来潮，不排卵，称为假绝经疗法，异位子宫内膜失去雌激素的维持，发生萎缩、凋亡，逐渐消失，达到预防复发的作用，停药后很快会恢复排卵和月经周期，就可以怀孕，不影响卵巢功能，尤其对于有生育要求的患者，更为合适，这种方法副作用较大，主要是骨质疏松和更年期综合征表现，但对于预防复发和生育价值很大，其副作用可以通过补充最小量的雌激素，使体内的雌激素水平不至于导致严重的骨矿物质丢失来避免。
对于无生育要求者，排除避孕药的禁忌情况后，首选短效口服避孕药，优点是简便、有效、经济、安全。需要服用3-6个月以上为好，服药期间停止排卵，也无月经来潮，停药后就能恢复，不影响卵巢功能，如果超过40岁，血栓的风险增加，需要在医生的指导下，经过严格的筛选，谨慎应用。