阴茎上长痘痘有可能是生殖器疱疹的症状。生殖器疱疹常见症状为阴茎红肿丘疹，丘疹为高出皮肤的局限性突起，小如针头、大如黄豆。
生殖器疱疹不仅可导致性功能障碍，造成家庭不和，还可能导致女方不孕。阴茎上长痘痘也就是指在阴茎上，出现高出皮肤的局限性突起，大如黄豆，这可能是丘疹，阴茎丘疹的症状便是如此。而阴茎丘疹的发生则多半是因为生殖器疱疹，生殖器疱疹在医学上分为原发性和复发性两种，其症状、病程也不同。
生殖器水疱潜伏期2-7天，开始局部发红，灼热及轻痒，迅速演变为米粒大小红色丘疹，并很快变成水疱。3-5天后，小疱糜烂或溃疡、结痂，患者伴有疼痛感。
也可能是因为毛囊炎引起的痘痘。毛囊炎大多数表现为红色的炎性疙瘩，有白色脓头。如果经过确诊为毛囊炎，也应外用红霉素软膏或者百多邦软膏。同时在患病的一段时间内一定要忌食辛辣油腻刺激的食物，不要饮酒。