非特异性尿道炎主要是由于受到大肠杆菌、葡萄球菌等致病微生物感染后而引起的尿道炎症。其出现的主要原因和尿道周围炎症或者是有生殖系统炎症有一定的关系。比如男性患者伴有包皮龟头炎、包茎、前列腺炎，容易引起非特异性的尿道炎，或者是本身患有尿道狭窄、尿道结石、尿道肿瘤等也容易引起。而女性患者则多见于尿道口有囊肿、有处女膜伞、或者是尿道口有息肉等原因，容易引起非特异性的尿道炎。
其次和女性的生理结构也有一定的关系，因为女性的尿道短宽，而且比较直，细菌很容易通过尿道口逆行的进入尿道而引起尿道炎症，尤其是患有外阴炎或者是阴道炎的女性更容易出现。其次还和一些医疗操作有一定的关系。比如留置导尿管，或者是做尿道内的器械操作时无菌操作不够严格，将部分细菌通过尿道口逆行的带入了尿道后，也会引起这类炎症的出现。