百日咳和慢性咳嗽的病因、传染性、严重程度、时间都不一样。百日咳和慢性咳嗽区别很大。慢性咳嗽和百日咳的病因不一样。百日咳是明确病因的，是百日咳杆菌引起；慢性咳嗽是多种原因都可以引起，如上气道咳嗽综合征、对某些东西物质特别过敏，或误吞异物了，没有明确原因，不查是不知道的。另外百日咳具有传染性；而慢咳大多数都没有传染病，但慢咳的病因如结核，可能有传染性。
另外严重程度也不一样，百日咳是咳嗽的非常重、剧烈，比慢性咳嗽的强度要强得多，孩子痛苦的多。时间上也不一样，百日咳一般要至少2到3个月，至少一百天；慢性咳嗽一般是咳嗽大于三周到四周，一般以四周为准，大于四周以上的咳嗽是慢性咳嗽。