尽管内镜下肠息肉切除术相对而言较为安全，但仍有部分患者可能会出现以下并发症。而并发症的发生风险则主要与息肉大小、形态、手术难度以及患者全身状况、是否伴随其他疾病等因素相关。
1、药物过敏反应
部分患者可能会因术前应用的相关药物，出现头晕、皮疹、哮喘等过敏反应。
2、局部并发症
活组织检查或息肉切除部位，可能会发生出血、肠穿孔等并发症，严重者可能需要住院或手术治疗，一旦出现呕血、便血、严重腹痛或低血压等症状，应及时急诊就诊。
3、全身并发症
部分高龄或存在危险因素，患者术后可能会出现心律失常、心肌梗死、低氧血症、肺炎、脑卒中等并发症，极少数患者甚至可能会因病情恶化而导致死亡。
4、手术失败
如息肉过大或浸润过深，或发生肠穿孔、出血等并发症，风险较高，无法通过内镜完全切除息肉时，则需要考虑进行外科手术予以切除。部分患者即使已给予适量镇静剂，也有可能会因镇静效果不佳，配合度过低等导致手术无法正常进行。此外，如患者在术中出现呼吸困难、低氧血症、低血压等症状，为安全起见也可能会考虑中断手术。
此外，如病理检查结果提示息肉已发生癌变，需进一步施行补救性手术，术后则可能还需要再次进行外科手术治疗。