非淋菌性尿道炎是最为常见的尿道炎致病因素之一。最好的治疗办法是患者出现这些症状之后，到医院去检查相对的致病因，给予相应的药物。
可以应用中华人民共和国卫生部卫生防疫司《性病防治手册》的推荐方案：
第一，治疗由衣原体或支原体引起的成人无并发症的尿道炎和宫颈炎，选择多西环素、盐酸四环素、美满霉素或者土霉素。由于孕妇不宜用四环素，可改用对肝脏损害比较小的红霉素治疗，红霉素治疗剂量为500毫克，口服，每日4次，连服7天。口服药物外，另外可以选择应用聚六亚甲基双胍盐酸盐杀菌成分的洗液，内洗外洗配合治疗。
第二，对患者的性伴侣也要进行检查和治疗。
第三，由于目前耐青霉素淋球菌菌株的流行，以及多达45%的淋病患者在感染淋球菌的同时，也可能会感染衣原体，故采用头抱曲松钠和多西环素，联合治疗淋球菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎。