目前临床上认为卵巢巧克力囊肿，也就是卵巢子宫内膜异位囊肿是有可能影响怀孕的，因为这是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢上，这种疾病表现是多样的种植到子宫呈现子宫腺肌症。那么种植到卵巢，呈现卵巢子宫内膜异位囊肿也就是巧克力囊肿，这种疾病会引起盆腔的局部的粘连，从而引起输卵管、卵巢周围广泛粘连，从而会导致输卵管的梗阻扭曲，输卵管蠕动异常就会影响受精卵的输送，从而影响精子卵子相结合引起不孕症的发生，而且子宫内膜异位症的患者会引起女性盆腔的内环境发生改变，释放的某些物质会影响女性怀孕从而引起不孕症的发生。

巧克力囊肿属于卵巢子宫内膜异位囊肿，它是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢，而随着月经周期子宫内膜会发生脱落出血，从而形成卵巢巧克力囊肿，也叫做子宫内膜异位囊肿。这种囊肿在临床上表现为双侧卵巢都可以发现，严重者可以导致盆腔输卵管的粘连，甚至引起不孕症的发生，而卵巢囊肿来源则较多，比如常见的有上皮性的卵巢囊肿，浆液性的卵巢囊肿、免疫性的卵巢囊肿、生殖细胞瘤，性索间质细胞瘤、转移性肿瘤等等，良性恶性或者是交界性的卵巢肿瘤。卵巢囊肿一般是在腹腔中比较轻，活动度较好，而不像巧克力囊肿，可以导致盆腔广泛粘连，这是最主要的最大的区别。

目前在临床上，对于卵巢巧克力囊肿的治疗方式主要包括两种，第一种是腹腔镜下的手术治疗，第二种是开腹手术治疗。开腹手术治疗可以进行卵巢囊肿的剥除，附件的切除；而腹腔镜也可以进行这些手术。对于卵巢囊巧克力囊肿的患者，如果有生育要求，而且年轻的女性，尽量要进行腹腔镜下或者是开腹手术下巧克力囊肿的剥除术，要保留其卵巢和输卵管。对于没有生育要求或者绝经后的女性，则可以考虑进行患侧的输卵管、卵巢的切除手术等。女性在平时的日常生活中应该多休息，注意腹部的保暖。而采用腹腔镜手术，具有以下的优点，手术创伤小，病人术后恢复较快，住院时间短，而且术后切口瘢痕较小，美观的特点。

卵巢巧克力囊肿需要定期做B超检查，药物治疗或手术治疗等。一、如果卵巢巧克力囊肿很小，比如两个厘米或者三个厘米，这种卵巢的巧克力囊肿不需要特殊的处理，只需要定期随访B超和肿瘤标志物C125就可以，每三个月或者3到6个月做一次B超，经阴道的超声，同时抽血查一下C125，看看C125有没有特别的升高，因为特别的升高就怀疑巧克力囊肿是否有恶变，那个时候需要重视；如果要是说C125也很平稳、轻度升高，同时B超提示卵巢巧克力囊肿也就是两三个厘米，也没有过度的增大定期复查就可以。二、如果卵巢巧克力囊肿比较大，比如超过五个厘米的卵巢巧克力囊肿，这种情况就建议手术，卵巢巧克力囊肿痛经比较明显，就是囊肿导致输卵管性的不怀孕，这些卵巢巧克力囊肿都需要进行处理。卵巢巧克力囊肿的处理主要就是手术治疗，而手术治疗主要就选择腹腔镜下的卵巢巧克力囊肿的剔除术。要做好密切随访。还有一些治疗方式，比如说可以打GnRH-a这种药物治疗，保守性治疗还是比较少的。

卵巢巧克力囊肿不太好治疗，它属于卵巢的子宫内膜异位症。腹腔镜治疗时，把卵巢的巧克力囊肿剔除掉，但是在盆腔内的微小病灶，肉眼观察不到，没有办法把这个小病灶完全清除。在手术之后，很多女性会出现复发的现象。