卵巢巧克力囊肿是有癌变可能的。卵巢巧克力囊肿是具有生长功能的子宫内膜、腺体和间质长到了子宫卵巢上所以形成的，对于卵巢巧克力囊肿他的恶变可能性是比较低的但也是存在的。临床上有一些情况需要警惕卵巢巧克力囊肿恶变的可能，首先卵巢巧克力囊肿直径比较大大于十厘米，那么考虑有恶变的可能。其次卵巢巧克力囊肿的患者抽血检查，血清c125的水平大约二百单位每毫升，这时也是有癌变可能的。如果长期存在的卵巢巧克力囊肿，影像学提示有恶变的可能性，这种情况下建议应该尽早的尽快的进行手术治疗以防止恶变。

卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，这是由于子宫内膜异位到了卵巢上从而形成的囊肿。手术可以对卵巢巧克力囊肿起到短暂的治疗，但是不可以治愈的。卵巢巧克力囊肿手术以后需要注射一些药物来预防子宫内膜异位症的复发，比如说醋酸戈舍瑞林、亮丙瑞林之类的药物，来使达到药物性闭经的目的，从而防止复发可以抑制子宫内膜的活性，从而对巧克力囊肿起到短暂的治疗。一段时间以后如果不再用药还有复发的可能，甚至会影响女性的生育功能。一般女性到了绝经以后卵巢功能衰退子宫内膜萎缩，从而可以治疗卵巢巧克力囊肿。

目前临床上对于卵巢巧克力囊肿的认识，主要认为它是子宫内膜异位症的一种，是具有生长功能的子宫内膜侵入了卵巢组织，从而引起卵巢巧克力囊肿，这种疾病会产生类炎症的反应，所以患者会出现腹痛、痛经进行性加重，而且有一部分患者会引起盆腔的粘连，引起性交后的疼痛。卵巢巧克力囊肿的患者严重者会影响女性的卵巢功能，从而引起月经失调，甚至影响输卵管的蠕动，从而造成不孕症的发生。对于较大的卵巢巧克力囊肿，则需要进行手术治疗。

卵巢巧克力囊肿不是在子宫内的，这是因为卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，是具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢上，所以就形成了卵巢巧克力囊肿。它是卵巢的病变，卵巢里面呈现巧克力色的囊液，所以叫做巧克力囊肿。一般会引起痛经、腹痛等症状，严重者会影响女性输卵管功能以及盆腔的内环境从而影响女性怀孕，那么对于卵巢巧克力囊肿的治疗，一般可以进行口服药物治疗，必要时也可以进行手术治疗。手术治疗一般选择腹腔镜或者开腹手术都可以，但是对于卵巢巧克力囊肿的患者，需要注意腹部的保暖，平时日常生活中避免食用辛辣、寒凉刺激性的食物。

巧克力囊肿会影响月经吗？一般来讲，卵巢的巧克力囊肿不会影响月经，因为月经是由卵巢的雌孕激素，是由整个人体内的有一个生殖内分泌轴来决定月经的。卵巢它主要是分泌雌孕激素，雌孕激素作用在子宫内膜，使子宫内膜出现周期性的变化，出现周期性的脱落，那么在脱落的过程中会有出血，所以我们叫它月经。一般来讲卵巢的巧克力囊肿不会影响卵巢分泌雌孕激素，所以它对月经的影响几乎没有。如果说患者的月经不正常，到医院来检查，可能会是因为其他的原因造成的月经的不调，而并非是因为卵巢的巧克力囊肿。当卵巢巧克力囊肿长得过大，或者出现破裂的时候，在这种情况下，有可能使患者暂时的出现月经的不正常。比如说点滴出血，或者是时间过长，也可能会出现闭经。但总的来讲，卵巢的巧克力囊肿不会影响正常的月经。