目前临床上对于卵巢巧克力囊肿术后的患者，可以选择皮下注射亮丙瑞林或者是戈舍瑞林，连续用药三到六个月的时间，可以使体内残留的子宫内膜移位的病灶坏死，从而降低它的复发甚至不复发。但是临床上如果有生育要求的女性，也可以在手术后三个月积极的备孕。如果怀孕了那么女性在怀孕期间是不来月经的，这样会引起残留的子宫内膜异位病灶可能会出现坏死消失。如果患有卵巢巧克力囊肿的患者，临床上主要表现为进行性加重的痛经，而且囊肿会导致盆腔内环境的改变会出现粘连甚至影响怀孕。所以一般建议存在巧克力囊肿的患者，一般发现后应该积极的给予治疗，可以采取腹腔镜微创手术的方式，这种方式对机体的损伤较小。

女性患有巧克力囊肿时，有可能会引起左下腹或者右下腹的疼痛的。如果病灶是在左下腹部，会引起左下腹部疼痛，这是因为巧克力囊肿是由于具有生长功能的移位的子宫内膜腺体或间质侵入卵巢所引起的囊肿。在月经期前后会出现疼痛，如果在非月经期，当囊肿发生扭转或者破裂，也会出现小腹部疼痛的现象。如果病灶在左侧，是会发生左侧小腹部疼痛的现象。巧克力囊肿里面的液体是呈咖啡色的，所以粘稠又称之为巧克力囊，这种囊肿一般会双侧较多，也有一部分患者呈现单侧病灶的出现。

巧克力囊肿是属于最常见的子宫内膜异位症，就是由于女性的子宫内膜异位到卵巢上，周期性的增生萎缩坏死而导致，这时不但会引起进行性加重的痛经表现，还可能出现卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。由于卵巢巧克力囊肿容易反复发作出现，所以巧克力囊肿并不是一定能够完全治愈，但对于大部分女性，在通过腹腔镜手术以后，将卵巢巧克力囊肿切除，术后再继续肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来治疗，通常就可能将巧克力囊肿治愈。但对于手术后出现巧囊复发的女性，只能考虑对症进行止痛治疗，必要的时候还需要二次进行手术治疗。而且还有的女性即使行二次手术治疗，那么在切除以后仍然还可能再次复发，这时就只能考虑再进行手术或者对症治疗。

巧克力囊肿治疗方法有手术治疗、药物治疗、放置宫内节育器等，主要是根据患者的年龄、生育要求的综合评估。1、对无生育要求，年龄45岁左右、症状重、病灶累及重要脏器或多种治疗无效者，建议行全子宫双附件切除术根治。双侧卵巢切除后，没有激素的支持，异位的病灶会萎缩退化消失。2、对于年轻要求生育的患者和不孕症患者经全面检查排除其不孕因素，首先应该尽早在腹腔镜下明确诊断，分离盆腔粘连，去除肉眼可见的病灶，恢复正常的解剖结构。保留子宫和卵巢。手术可以明确诊断，排除恶性肿瘤，缓解疼痛，改善生活质量，能显着提高轻度内异症的自然妊娠率。然后药物抑制内异症的残余病灶，改善盆腔的免疫环境，抑制雌激素水平。最后，建议中重度患者尽早积极采用辅助生殖技术助孕。不应长期期待或药物治疗。3、对无生育要求较年轻的患者可以选择腹腔镜手术去除病灶，保留卵巢和子宫，宫内放置曼月乐的方法，曼月乐是一种含有孕激素的宫内节育器，即可以避孕，又可以缓解痛经和月经过多的症状，预防内异症复发。如果没有口服避孕药禁忌症的患者也可以长期服用避孕药。

卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，卵巢巧克力囊肿病变可只累及一侧卵巢，但约有50%以上的患者会累及双侧卵巢；随着病情的发展，患者可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调、不孕和性交痛等病症。目前主要有西药治疗、手术治疗和中医治疗技术等，药物治疗主要目的是抑制雌激素合成，使异位种植的子宫内膜萎缩，或切断下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激和出血周期，但对于较大的巧克力囊肿，不宜采用性激素治疗，腹腔镜是目前手术治疗内异症的主要手段。