先天性肥厚性幽门狭窄危害比较大，主要症状就是呕吐，发病两周左右患者会出现不同程度的呕吐，由于呕吐越来越厉害，孩子最后会完全不能进食、进水，所以孩子会出现严重的营养不良和脱水酸中毒等情况，导致孩子的生长发育明显滞后，明显消瘦，皮肤松弛，皮下脂肪减少，并可有喉痉挛及手足搐搦等症状。同时由于严重的呕吐造成的误吸，还会导致反流性肺炎，所以患者或多或少都合并有呼吸道的症状，严重的甚至出现肺炎。