肛瘘是很有可能复发的，高位复杂性肛瘘术后复发率较高，早期挂线手术复发率约为20%-40%，国外切除瘘管保留括约肌术复发率约为20%。目前临床倾向于将瘘管全部切除，用亚甲蓝进行染色，保留重要括约肌，手术复发率较低，约为1%-2%。临床认为高位复杂性肛瘘是难治性疾病，术后复发率较高，可能沿着肛门呈马蹄形。