急性胃肠炎的鉴别诊断可以通过做病源学检查或者是蛋白检测等方法进行诊断，或者是化验大便常规以及血常规。也可以根据患者的症状来进行判断，如果是急性肠胃炎，通常会引起腹部有疼痛以及恶心呕吐等症状，而且还有可能会导致出现脱水的情况。