若是得了单纯病毒性疱疹角膜炎，药物治疗中使用的主要药物是抗病毒药物，如碘甲苷，此药主要适用于首发病例。对于多次复发的病例，改用其他药物，如阿糖胞苷，有一定的作用。但对正常细胞也有很大的毒性，因此通常选择其衍生物环胞苷、三唑苷，作为广谱抗病毒药物，对正常细胞的毒性较小。