引起婴儿腹泻的最多见的原因，可分为感染性因素和非感染性因素两种。感染因素，如病毒细菌真菌寄生虫等可引起腹泻，最常见的是轮状病毒，这是引起儿童秋季腹泻的最常见病毒，另有星形病毒、诺如病毒等。细菌感染主要有大肠杆菌、空肠弯曲菌、沙门氏菌等。非感染因素，特别是3个月以内的婴儿，在反复腹泻时发现积极的抗腹泻疗效没有明显改善，可能是因为一些食物，如牛奶和大豆等食物过敏性腹泻。