先天性肠闭锁的预防应贯穿于怀孕前至产前。首先，婚前体检对预防出生缺陷起着积极的作用，主要包括乙肝病毒、梅毒螺旋体、HIV等血清学检查、子宫颈炎症筛查等生殖系统检查，血压、心电图、疾病家族史查询、个人病史等一般体格检查，做好遗传病咨询工作；第二，孕妇尽量避免危害，包括远离烟雾、乙醇、药物、辐射、农药、噪音、挥发性有害气体、有毒和有害重金属等。