治疗小阴茎一般是采用激素的方式进行治疗，而且治疗最好的时期是在青春期。GnRH微量泵：对下丘脑病变者，可用GnRH微量泵治疗，能改善患儿垂体分泌促性腺激素功能；促性腺激素：对垂体功能异常者，可给予rh-FSH及rh-LH治疗；HCG注射：HCG直接作用于睾丸的Leydig细胞，促使睾酮合成分泌增加，用于促性腺分泌不足的治疗；雄激素：可给予十一酸睾酮肌注或口服，目前婴幼儿及儿童应用较多的是睾酮及双氢睾酮软膏，尤其是后效果更佳，但使用此类药物需定期到医院检查雄激素（T及DHT水平），以防止其不良反应。