肛瘘手术是可以根治的，但是跟选择手术的方式也有关系。对于肛瘘手术后复发率的报道，多少不一，有的文献报道肛瘘的复发率为10％，而有的报道仅为1％。调查肛瘘手术后复发的原因，95％以上是因为没有准确的找到内口，或没有把感染的原发病灶，感染的肛窦、肛门腺导管和肛门腺以及瘘管的支管、空腔完全彻底清除干净，因为祸根没有除掉，所以才会复发，所谓“隐患除之务净，不尽则终将为害也。”由于肛窦很小，肛门腺导管和肛门腺走向弯曲，有的向上，有的向下，广泛分布在括约肌间隙之间，感染后可以四处蔓延，形成弯曲而有多个分支死腔的复杂情况。