系统性红斑狼疮目前尚不能根治，肾功能衰竭、感染、心力衰竭以及中枢神经系统损伤是本病的主要死亡原因。因此将疾病控制在没有内脏损伤的早期阶段十分重要，而早期治疗也可在一定程度上降低死亡率。

对于轻症系统性红斑狼疮患者来说，可对症应用双氯芬酸或者氯喹等；重症统性红斑狼疮患者的基础用药为糖皮质激素，同时还可加用细胞毒药物。除以上用药之外，还可加用环孢素治疗。

环孢素是一种非细胞毒免疫抑制剂，主要用于器官移植的排斥反应，对自身免疫性风湿病也有一定的疗效。如果大剂量激素联合应用细胞毒药物如环磷酰胺和硫唑嘌呤，4～12周后，患者的病情仍未改善，应当加用环孢素。开始时每日按照一定的剂量服用（一般按照患者体重计算用量），服用3个月后，按月减少用量至一定剂量后作维持治疗（其具体用量应有专业医生的指导）。需要应用环磷酰胺的患者，由于血白细胞减少而暂时不能使用时，也可用本药暂时代替。

同时需要注意的是，应用环孢素会出现一些不良反应，主要包括肝损害、肾损害等，因此使用期间应当密切监测。