化疗治疗肿瘤在杀伤肿瘤细胞的同时，也将正常细胞和免疫(抵抗)细胞一同杀灭，所以化疗是一种"玉石俱焚"的治疗方法，大多数化疗药物均可引起骨髓抑制，表现为白细胞和血小板下降，甚者红细胞、血色素下降等。 食欲下降、饮食量减少、恶心、呕吐、腹胀、腹痛、腹泻或便秘等。

化疗是用来杀灭增殖较快的癌细胞，但对一些增殖也比较快的正常细胞也有影响。这些增殖较快的正常细胞包括口腔和胃肠道的表层上皮、造血细胞的骨髓以及产生毛发的毛囊细胞等。当化疗损伤这些正常细胞时就引起副作用。

副作用持续的时间主要取决于身体状况和所采用化疗方案。正常细胞一般在化疗结束后会自我修复，所以大多数副作用会在化疗结束后消失，但有时也可持续数月甚至数年才消失。有时化疗引起长期副作用不会消失,这包括化疗引起心脏、肺脏、肾脏、生殖器官和其他器官永久性的影响。

化疗最常见的副作用包括恶心，呕吐，脱发和疲劳。其它常见副作用包括增大瘀伤，出血和感染的可能。大多数副作用在化疗停止后也随之消失，因为健康细胞恢复得很快。消除副作用，重获活力的时间因人而异及取决于很多因素，包括病人的整个健康情况和所吃的特殊药物。许多副作用消除得非常快，但是有些副作用会数月或数年后才会消失。